Cetatea a fost inaltata pe malul drept al raului Somesul Mic, la o distanta de numai cativa kilometri de ruinele castrului roman Secunda Pannoniorum si in vecinatatea micului sat Gherla, actual municipiu. Sub conducerea arhitectului Domenico da Bologna (1540-1551), cetatea a fost ridicata sub forma unui patrulater cu bastioane de aparare la colturi, inconjurat de ziduri groase de 3-4 metri si un sant cu apa, iar intrarea si iesirea din cetate se facea pe un pod mobil (pe latura estica), existand si accesul prin o serie de tuneluri subterane. Drept materiale de constructie s-au folosit in principal pietere din ruinele cetatii Ungurasului. De-a lungul timpului a intrat pe rand in posesia mai multor familii nobiliare, inclusiv a principilor Transilvaniei - Sigismund Báthory (1580) si Gheorghe Rakoczi al II-lea (1648), devenind astfel resedinta princiara. La inceputul secolului al XVII-lea cetatea Gherla nu mai prezenta importanta strategica, de aceea in 1706 a fost stearsa din randul cetatilor de razboi. Cetatea a fost transformata initial in cazarma, fiind apoi abandonata si pusa la vanzare. Pe 20 octombrie 1785 imparatul Iosif al II-lea a transformat cetatea Gherla in inchisoare centrala pentru Transilvania (Carcer Magni Principatus Transilvaniae). Transformarea a urmat unei evadari in masa de la inchisoarea din judetul Trei Scaune, incident care a generat din partea nobilimii dorinta de a crea o inchisoare de securitate maxima in Ardeal. Intre anii 1857-1860 a fost construit pavilionul central ca loc special de detinere, cu 3 nivele deasupra intrarii principale fiind amenajata locuinta directorala formata din 6 incaperi, cf proiectului arhitectilor bistriteni Danil Reschler si Ioan Reschler. La 1 mai 1913 inchisoarea este transformata in institut de preventie pentru minori, unde copii studiau si invatau diverse meserii. In timpul comunismului inchisoarea Gherla a cunoscut doua perioade distincte: 1945-1964 inchisoare politica, respectiv 1964-1989 inchisoare pentru detinuti de drept comun. Inchisoarea Gherla, una dintre cele mai vechi din Romania a devenit dupa 1989 penitenciar de maxima siguranta.