Construcția cetății a început în 1310,pe locul unei mai vechi fortificații de pământ și lemn din secolul al XII-lea. Scopul construirii cetății era eminamente strategic, mai precis pentru apărarea sud-estului Transilvaniei de incursiunile tătarilor și otomanilor. În 1526, devenit voievod al Transilvaniei, Ștefan Mailat, fiu al unui boier din regiune, a intrat în posesia Făgărașului și a domeniilor din jur și a pornit lucrările de transformare a cetății într-o adevărată cetate întărită. Zidurile de apărare au fost dublate în grosime pornind din interior. Noi spații au fost amenajate în încăperi și săli boltite. În 1541, otomanii conduși de Mustafa Pașa au atacat fortăreața. Mailat a căzut în cursă și a fost ținut prizonier în închisoarea din Cetatea celor Șapte Turnuri (Edikule), la Constantinopol, unde a murit 10 ani mai târziu.